Hồ Kênh Lấp ban đầu là một con kênh được đào vào thời Pháp thuộc,[2][6] khoảng năm 1900.[7] Con kênh có chiều dài hơn 14,6 km, từ thị trấn Ba Tri đi qua nhiều xã, điểm cuối là xã Tân Xuân.[8] Tổng diện tích mặt nước của dòng kênh này hơn 60 ha (hơn 0,6 km2).[8] Mục đích đào kênh ban đầu của chính quyền thuộc địa là để nối liền giao thông đường thủy từ sông Hàm Luông đến sông Ba Lai, nhưng sau khi đào xong thì lượng nước từ sông Hàm Luông đổ về Ba Lai quá lớn tạo ra dòng chảy mạnh gây nên sạt lở lớn hai bên bờ sông, vì vậy dân đã đắp bít hai đầu kênh và tạo thành kênh Lấp.[8]

Đợt thiên tai hạn mặn vào năm 2016, huyện Ba Tri thiệt hại hơn 12.000 ha lúa Đông Xuân, hơn 100.000 gia súc thiếu nước uống, hơn 200 cơ sở sản xuất kinh tế tiểu thủ công nghiệp bị đình trệ do thiếu nước ngọt, và tình trạng không đủ nước ngọt sinh hoạt của người dân,[8] do đó chính quyền địa phương nhìn nhận việc trữ nước quy mô lớn là cần thiết.[7]

Vốn dĩ là một đoạn kênh[9] rộng, do nhu cầu thủy lợi nên chính quyền tỉnh Bến Tre đã quyết định cho cải tạo thành hồ chứa.[8] Ngày 3 tháng 5 năm 2016, Bí thư Tỉnh ủy Bến Tre là Võ Thành Hạo đã cùng đoàn khảo sát đến thị sát thực địa khu vực kênh Lấp.[8] Dự án cải tạo với số vốn đầu tư 85 tỷ VND,[2][4][10] trong đó có 10 tỷ VND do tỉnh Đồng Nai hỗ trợ[7] và bắt đầu đầu xây dựng từ năm 2017.[2][4][10] Đơn vị thi công đã nạo vét lòng kênh trên chiều dài 4,6 km, bề rộng 30 – 90 m tùy đoạn.[11]

Ngày 3[7] tháng 8 năm 2019, hồ Kênh Lấp được đưa vào sử dụng.[5][6][10]